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NDP.view2

Digital pathologyで特に重要なバーチャルスライド技術のうち、大きなシェアを占めるのがHamamatsu Nano Zoomerである。LinuxではQuPathがあり高度な拡張性を備えるものの、.ndpiファイルを閲覧するだけに限っては謹製のHamamatsu NDP.view2のほうが動作が軽快で操作感に優れる。 Hamamatsu NDP.view2をLinuxでWindowsと遜色なく動作するためのTipsを共有する。

準備

クライアントをダウンロード

NDP.view2 画像閲覧ソフトウエア U12388-01 | 浜松ホトニクスから Windows版をダウンロードする

作成したWineプリフィクスにインストールする

$ wineboot -i
$ wine NDP.view\ 2.9.29\ RUO\ Setup.exe

DXVKの設定

Direct3D11 の動作はDXVK経由でVulkanで動かすのがパフォーマンス的にも良い。

$ yay -S dxvk-bin

をして、

$ setup_dxvk install

でDXVKをWineプリフィクスにインストールする。

$ vkcube

でちゃんと実行できるならここのセクションは読み飛ばしてOK。

ここで、

$ vkcube
vkEnumeratePhysicalDevices reported zero accessible devices.

Do you have a compatible Vulkan installable client driver (ICD) installed?
Please look at the Getting Started guide for additional information.

などと言われる場合は以下に進む。

DKVKのドライバを設定する

使っているGPUに応じてパッケージを導入する。

# nvidia
$ sudo pacman -S nvidia

# intel
$ sudo pacman -S vulkan-intel

# radeon
$ sudo pacman -S vulkan-radeon
# or
$ sudo pacman -S amdvlk

※RADEONのGPUのGPUを持ってないのでどちらがいいとかは確認できず

ドライバを当てた上でも動かない場合は、

$ VK_ICD_FILENAMES=/usr/share/vulkan/icd.d/intel_icd.x86_64.json vkcube

というように、手動で使用するICDドライバを指定する。IntelのGPUのマシンだと、上記のように手動で指定しないと動かなかった。

フォントの準備

$ winetricks -q allfonts

これをしないと多分日本語が読めない。

`.ndpi` ファイルを開く関連付けを行う

スクリプトの用意

.ndpi を開くスクリプトを用意する。パスは /path/to/bin/NDPView2 と想定する。

#!/usr/bin/bash

export WINEARCH=win64
export WINEPREFIX="PATH TO YOUR PREFIX"

# 以下はお好みで
export LANG=ja_JP.utf-8
export VK_ICD_FILENAMES=/usr/share/vulkan/icd.d/amd_icd32.json

if [ -n "$1" ]; then
  p=$(winepath -w $1)
else
  p=""
fi
wine $WINEPREFIX/drive_c/Program\ Files/Hamamatsu/NDP.view\ 2/NDPView2.exe $p

winepath は LinuxとWineのパスを相互に変換する。デフォルトでは Wine→Linuxで、 -w を指定すると Linux→Wineの変換となる。

$ winepath -w ~/Documents
Z:\home\user\Documents

$ winepath -w ~/.wine
C:\

$ winepath -w /run/media/user/USB/
D:\

$WINEPREFIX/drive_c 配下は C:\ としたり、外部メディアのドライブレターを補ったりしてくれる。バーチャルスライドデータは外付けHDDなどで輸送することが多いので必須の操作である。

デスクトップエントリを作成する

[Desktop Entry]
Name=NDP.view 2(Wine)
Exec=/path/to/bin/NDPView2 %f
Type=Application
StartupNotify=true
Icon=53E8_NDPView2.0
StartupWMClass=ndpview2.exe
Categories=Office;

Iconセクションは、インストーラーを使用した場合は ~/.local/share/icons/hicolor/ 以下にいろいろ入っているので適当にそこから選ぶこと。

以上。

あとは使うだけ

WineでHamamatsu NDP.view2 を動かす