方法1
~/.config/kwinrc に
[ModifierOnlyShortcuts]
Meta=
を追記し、
$ qdbus org.kde.KWin /KWin reconfigure
としてリロードする。
方法2
$ kwriteconfig5 --file kwinrc --group ModifierOnlyShortcuts --key Meta ""
参考
KDE: disable super_L (windows key) key shortcut as menu launcher - Super User