mate-screenshotでスクリーンショットを撮ると、下の画像のようにCompizのウィンドウを閉じた際に発生するエフェクトが写り込んでしまった。
青いの台形状の影がそのエフェクトである。mate-screenshotが不可視のウィンドウを使っていることに由来してそうである。
Compizのウィンドウエフェクトには特定のウィンドウではそのエフェクトを出さないようにする設定項目があるので、そこに記載すればいい。
$ ccsm （CompizConfig Settings Managerのこと）で起動し、 Effects → Animation で
Window Matchのケツに & !(name=mate-screenshot) を追加すればいい。